A、一块稻田里的全部水稻、水草、鱼、虾及其他生物属于群落层次，A正确；B、一个池塘中的全部鱼属于多个种群，B错误；C、一个培养皿中的大肠杆菌菌落属于种群，C错误；D、一块生长有菌落的朽木属于生态系统，D错误．故选：A．
