A、基因分离定律的实质是控制相对性状的遗传因子在减数分裂过程中发生分离，从而使后代出现性状分离，A错误；B、基因分离定律的实质是等位基因的分离，B错误；C、自由组合定律是指在减数分裂形成配子时，非同源染色体上的非等位基因自由组合，C正确；D、自由组合定律是指在形成配子时，控制不同性状的非等位基因自由组合，D错误．故选：C．
