食品流通许可证和食品经营许可证的区别在于流通许可证不包括加工，而经营许可证是合并了卫生许可证和流通许可证。使用的对象不同，食品流通许可证是做食品批发、零售需要办理的，而食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。食品流通许可证是对食品流通环节的行政许可，目前已经取消，要求食品生产经营环节需取得食品生产经营许可，经申请、审核发放食品经营许可证。
《中华人民共和国食品安全法》
第三十五条
国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不需要取得许可。仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案。
县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门应当依照《中华人民共和国行政许可法》的规定，审核申请人提交的本法第三十三条第一款第一项至第四项规定要求的相关资料，必要时对申请人的生产经营场所进行现场核查；对符合规定条件的，准予许可；对不符合规定条件的，不予许可并书面说明理由。
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