我国的土地所有权只有两个：一是城镇土地国家所有，二是乡镇土地村民集体所有。任何单位不能单独买卖土地所有权，可以通过出让、划拨、租赁等方式取得土地使用权，土地使用权也不能单独转让，当土地上的房屋转移、抵押时，其附属的土地使用权也随之转移、抵押。
土地证使用证只是证明你的房屋拥有合法的土地使用权，如果是国有土地使用证，那么这块地上的房屋可以进行买卖、赠与、抵押、出租等；如果是集体土地(或宅基地)，那么这块地上的房屋就不能抵押，买卖、赠与也需要得到村镇相关部门的同意方可办理。
农村宅基地是具有一定的权限的，在我国主要是限于集体经济组织内部符合规定的成员，享受农村宅基地必须按照法律法规规定标准使用，用于建造自己居住房屋的农村土地。它是为了满足农村居民的住房要求，但农村村民一户只能拥有一处宅基地，并需要经过申请。通过申请之后才可以作为宅基地使用。
既然有宅基地使用证就说明盖房是合法的，你还是去上级部门找个说法吧。有时候村干部刁难是为了满足自己的小私欲罢了
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