《战国BASARA3》剧情描述的是丰臣秀吉凭借强大的军力消灭织田信长后，一统天下。取代织田信长的丰臣秀吉恐怖执政，他的手下德川家康对此颇为不满，在一场激烈大战之后大败丰臣秀吉。随着织田信长和丰臣秀吉两个时代的结束，天下再临乱世，一方面是决定统一天下的德川家康，另一方面是立誓为丰臣秀吉复仇的石田三成。游戏随着这两人展开一场将天下一分为二的一统大战。
