1393年，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。当吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党!”话音未落，武士们便把詹徽拿下。三天后，朱元璋将蓝玉处死，尔后是大规模的清洗和株连。
1382年，出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛祥就是这样被活活打死的。朱元璋派出大量名为“检校”的特务人员，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，朱元璋问宋濂曾经在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。朱元璋听后满意地说：“果未骗朕。”
但是到了晚年朱元璋逐步废除了锦衣卫及其特权，以及一些比较残酷的刑法。
二、地方改革
在地方废除行省制，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。
朱元璋在位处理的贪污案：
洪武十五年：户部官员与地方官府勾结，采取预先空白报表盖印后私自填充虚假支出数额营私肥己贪污财物。朱元璋发现后，立即将各地衙门管印的长官全部处死；副长官打百棍边疆充军。
洪武十六年：刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家二十口人全部自杀。
洪武十八年：。又查出户部侍郎郭桓和各司郎中、员外郎与各地到中央缴纳课税的官员结成贪污团伙，采取多收少纳、捏报侵欺手段贪污国库物资折合粮食达两千四百万石的犯罪事实。朱元璋将这些贪官统统处死，各省、府、县牵连人员无一幸免。
洪武十八年：工部许多官员借营建宫廷之机，采取虚报工匠工役人数天数多领工银，发放时克扣工匠银两私吞。朱元璋在一次突击检查中就查处侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出中央专门派去监督工部的工科给事中。
洪武十八年：兵部侍郎王志把征兵之机当作生财之道，接受逃避服兵役的世袭军户所送贿银达23万两。朱元璋把他也送上断头台。
洪武十九年：
一、刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些贪官都被朱元璋斩首。
二、礼部侍郎章祥，伙同员外郎辛钦，私自侵吞皇帝赏赐公主婚礼的银两，被朱元璋拿了个正着。朱元璋为了监督各级官吏行为，专设都察院御史和六科给事中职位。
三、都察院御史刘志仁奉命去淮安处理一宗案件。到达后他故意拖着案子不审，吃了原告吃被告，勒索两家许多钱物，还诱奸良家民女。后被朱元璋处死。朱元璋又查出六科有61个给事中存在不同程度的贪污受贿行为，一一做了处理。
洪武二十五年：户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人被斩。
第三，朱元璋利用残酷刑法处置贪官，采取“剥皮揎草”、挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。 “剥皮揎草”刑法，就是把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰，将其放在处死贪官后任的公堂桌座旁边，以警示继任之官员不要重蹈覆辙，否则，这个“臭皮统”就是他的下场。这种举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领——《大诰》和《醒贪简要录》。《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
第六，允许民间百姓上访。明朝允许百姓扭送不法官吏。如果官吏在征收税粮以及摊派差役作弊曲法，百姓可以向上级官吏举报，也可以直接扭送。对于封建时代而言，完全打破了一贯“只许州官放火不许百姓点灯”的惯例。赋予百姓直接查送官吏的权力，是中国几千年法治史中破天荒的政治创举。
此外，朱元璋在午门外特设“鸣冤鼓”，民间百姓若有冤情在地方讨不回公道，可上京击鼓直接告御状。
朱元璋以残酷的法律严惩贪官污吏。其决心之大、力度之强、措施之精确，收到了强烈震慑作用。朱元璋从登基到驾崩，他“杀尽贪官”运动贯穿始终未减弱，但贪官现象始终未根除，晚年只能发出“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之；尸未移而人为继踵，治愈重而犯愈多。”哀叹。
朱元璋当政31年，先后发起6次大规模肃贪，杀掉贪官污吏15万人。
朱元璋是中国历史上勤政的皇帝之一，他从来不惮给自己增加工作量。从登基到去世，他几乎没有休息过一天。在遗诏中他说：“三十有一年，忧危积心，日勤不怠。”据史书的记载，从洪武十八年（1385）九月十四日至二十一日，八天之内，朱元璋审批阅内外诸司奏札共一千六百六十件，处理国事计三千三百九十一件，平均每天要批阅奏札二百多件，处理国事四百多件。
朱元璋的节俭，在历代皇帝中也堪称登峰造极。称帝后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。朱元璋每天早饭，“只用蔬菜，外加一道豆腐” 。他所用的床，并无金龙在上，“与中人之家卧榻无异”。他命工人给他造车子造轿子时，按规定应该用金子的地方，都用铜代替。主管的官员报告说用不了很多黄金，朱元璋却说，他不是吝惜这点黄金，而是提倡节俭，自己应作为典范。朱元璋还在宫中命人开了一片荒地来种菜吃。洪武三年（1370）正月的一天，朱元璋拿出一块被单给大臣们传示。大家一看，都是用小片丝绸拼接缝成的百纳单。朱元璋说：“此制衣服所遗，用缉为被，犹胜遗弃也。
明朝伊始，朱元璋实行了发展生产，与民休息的政策。1368年，外地州县官进京，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根，重要的是休养生息”。
朱元璋还鼓励开垦荒地，1370年并下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定，农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。
除了民屯外，明初还有军屯和商屯。军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。军粮基本上自给自足。商屯是指商人在边境雇人屯田，就地交粮，省去了贩运费用，获利更丰。商屯的实行，解决了军粮问题，同时也开发了边疆。
轻徭薄赋
朱元璋深知灾荒给农民造成的痛苦，即位后常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。多次在全国范围内实行大型的租税蠲免。洪武二年是明初第一次大规模地蠲免赋税。之后的三年、四年、九年，也曾在应天、河南、北平、山东、江西、两浙等地陆续蠲免赋税。到洪武二十四年统计时天下田土，已达到3,874,746顷
朱元璋还十分爱惜民力，提倡节俭。在朱元璋措施的推动下，农民生产热忱高涨。明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。朱元璋的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。
兴修水利
朱元璋十分重视兴修水利和赈济灾荒。在即位之初就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。到1395年，全国共开塘堰大约40987处，疏通河流大约4162道。
移民政策
明初，由于连年战乱，加上疫病流行、河水连连泛滥，中原人口锐减，而山西却未经大战，人口稠密。河南、河北、山东三省人口相加，还不及山西人口的一半。中原大地赤野千里，人迹罕见。为此，朱元障下决心从山西大规模移民整修河堤、恢复盐场、发展生产，史称“洪武大移民”。
