（1）图1菜豆种子中[2]胚根[4]胚芽[1]胚轴[5]子叶[3]种皮图2玉米种子中[6]种皮和果皮[7]胚芽[8]胚轴[9]胚根[10]胚乳[11子叶；
（2）菜豆种子属于双子叶植物种子，子叶2片；玉米种子属于单子叶植物种子，子叶1片；菜豆种子的营养物质储存在子叶里，玉米种子的营养物质储存在胚乳里；
（3）种子的胚由胚芽、胚轴、胚根、子叶四部分组成，是新植物的幼体，是种子的主要部分．
故答案为：（1）2、4、1、5、3、种皮和果皮、胚芽、胚轴、胚根、胚乳、子叶；
（2）2、1；
（3）胚．
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