A、一只青蛙属于生命系统的个体层次，A错误；B、池塘中的水、阳光等环境因素以及生活在池塘中的各种生物属于生态系统的，B错误；C、青蛙的表皮细胞属于细胞层次，C错误；D、水和蛋白质分子不属于生命系统的结构层次，D正确．故选：D．
