一般流式细胞仪都有FITC通道,GFP可以用该通道来测量.用同一细胞系的转染了无GFP质粒的细胞做阴性对照,设置阈值.
流式细胞仪原理简单来讲就是将细胞包裹在细细的液流中，将细胞以一个一个的形式通过激光，GFP本身属于绿色荧光蛋白，受到488左右的激光激发会释放出荧光，通过检测侧向散射的荧光强度经过信号放大可以得到样品的荧光情况。
具体的操作根据设备的不同都有不同，建议直接查看仪器的操作手册，但基本原理都是相同的，需要先将要鉴定的细胞消化、过滤网去除大块杂质，然后细胞悬液经由上样管进入流式分析仪或分选仪。第一次鉴定的话，需要准备阴性及阳性的对照，即不表达GFP的同种细胞，用该细胞设门，再上带有GFP的细胞，检测未知样品时，用FITC或相对应的通道的信号强度，去除阴性的门就是阳性的细胞亚群了。
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