兽医临床上根据其治疗感染部位不同，可分为治疗体表浅部类和治疗深部（全身）类二大类。用于治疗浅部真菌感染的药物有灰黄霉素、制霉菌素、水杨酸、十一烯酸、水杨酸苯胺或局部应用的咪康唑和克霉唑等。用于治疗深部真菌感染的药物有两性霉素、制霉菌素及咪唑类抗真菌药等。此外，还有添加于饲料、食品、药剂中防霉的山梨酸、苯甲酸、富马酸、丙酸等及其制剂。
按化学结构抗真菌药物分为 棘白菌素类 多烯类 嘧啶类
作用于真菌细胞膜上麦角甾醇的抗真菌药物 烯丙胺类 氮唑类
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