1 基因有多种变体，该怎么设计？
你如果仅仅检测这个基因的表达量，你可以将引物设计在这多种变体的保守区域内，就是所有变体都包含的区域。如果你明确要检测哪一个变体，就设计在这个变体独有的区域内。
2 引物blast后的产物有多种
你应该是在NCBI上进行的primer blast吧？你只要看到你的引物扩增出来的都是你要的目的基因就好了。在NCBI上有很多标记，一般认为NM的是NCBI上认可的reference的序列，NX是用户上传还未认证的序列，你忽略也是可以的。predicted是指用户预测的序列，建议你还是用NCBI认证的序列。
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