开出去的增值税发票系统已作废。对方已抵扣,我方怎么处理

　　税票已作废,3个月内税务局能在金税系统里稽查出来,
　　补救办法:重新开具发票给对方,
　　让对方把你们已作废但对方已抵扣的发票作进项税额转出.
　　具体你可以咨询你方国税局
　　增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
　　实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
　　对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可等于人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。

这种如果金额小的话，不引起税务局注意，你不做处理都没事。但是被税务稽查局发票会认为你偷税漏税。
我不知道你都作废了对方是怎么抵扣的，或是说你先把发票给对方抵扣之后你在作废的？
建议你还是去税务局，或是找专管员咨询下，主动点比较好！