NCBI上有已经测序的基因组就到基因组数据库，定为目的基因的位置，然后找到相邻的。没有的话就只能参考接近的种属，或者最好是做RACE
你指还有外显子和内含子的基因组序列吗？用你的基因序列，到NCBI网站上去做blast，数据库选择genome数据库就可以了。
