从描述来看,可以在机动车登记地上海或在启东处理。因为机动车违章大都是被电子监控设备拍照取证。根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》中的规定:“交通技术监控资料记录的违法行为可以由违法行为发生地、发现地或者机动车登记地的公安机关交通管理部门管辖。”所以结合描述来看,沪C牌照,就是机动车登记地在上海,因此可以在上海处理;在启东吕四镇违章,说明违法行为发生地在吕四镇,但是需到县级以上车管所才能处理,因此可以到启东处理。