海南省国家税务局内设13个内设机构，级别为正处级，分别是：
办公室、政策法规处、货物和劳务税处（进出口税收管理处）、所得税处、收入规划核算处、纳税服务处、征管科技发展处、财务管理处、督察内审处、人事处、巡视工作办公室、监察室、大企业和国际税务管理处。机关党委办公室（思想政治工作办公室）、离退休干部处。 海南省国家税务局所属机构20个，分别为： 海口市国家税务局 三亚市国家税务局 三沙市国家税务局 洋浦经济开发区国家税务局 五指山市国家税务局 琼海市国家税务局 儋州市国家税务局 文昌市国家税务局 万宁市国家税务局 东方市国家税务局 定安县国家税务局 屯昌县国家税务局 澄迈县国家税务局 临高县国家税务局 白沙黎族自治县国家税务局 昌江黎族自治县国家税务局 乐东黎族自治县国家税务局 陵水黎族自治县国家税务局 保亭黎族苗族自治县国家税务局 琼中黎族苗族自治县国家税务局
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