A、真核细胞的分裂方式是有丝分裂、减数分裂和无丝分裂，原核细胞没有染色体，不能进行减数分裂，则遗传时不遵循孟德尔定律，A正确；B、细胞分裂过程中，细胞核基因能平均分配，细胞质基因是随机分配，B错误；C、大肠杆菌是原核细胞，蛋白质没有DNA组合形成染色体，C错误；D、基因分离定律和基因自由组合定律的实质等位基因分离和非同源染色体上非等位基因自由组合，时间是减数第一次分裂的后期，D正确．故选：AD．
