合法！“第一期支付2千万元，第二期支付3千万元，第三期则在9月1日甲公司向乙公司交付房屋时，支付5千万元。”约定不明确！“交付房屋时”交钥匙是交付，办理产权变更也是交付，在此不论物权是否转移一说。因此合同本身的约定就不明确。双方各执一词很正常。具体是否违约要看诉讼中法官怎么评判了。我觉得是违约，按房屋买卖合同的常态，约定的交付一般就是交钥匙，转移占有，使用。卖方协助办理产权变更一般都是在合同中有明确约定的。
1。该合同属于有效合同。该合同符合合同有效地三要件（行为能力，意思表示真实，不违法……）2。乙公司不属于违约，而是在行使抗辩权。《合同法》第66条规定：“当事人互负债务，没有先后履行顺序的，应当同时履行。一方在对方履行之前有权拒绝其履行要求。一方在对方履行债务不符合约定时，有权拒绝其相应的履行要求。”
和同有效,因为甲方没有履行完手续,乙方有权扣压剩余款项
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