不一样。人事代理合同是你与代理单位之间签订的合同，内容主要包括你跟代理单位之间的权利义务关系以及代理费用的约定等等，必须双方签字盖章（或按手印），你跟代理单位至少各执一份，内容相同，而人事存档关系证明是由人事代理单位为你出具的一份证明，主要内容是证明你的人事档案关系存在某处，特此证明云云，此证明无需你签字，只需代理单位盖章即可。
