1.病毒感染：如孕妇上呼吸道感染、风疹等。
2.药物作用：如服用抗癫痫药、类胆固醇、抗过敏、抗癌药物等。内分泌：精神性或损伤性的因素，如遭到强烈的精神刺激、身体外部遭损伤等。
3.营养因素：早孕期的呕吐，厌食，偏食等导致维生素D、叶酸、铁、钙等的缺乏。
4.其他因素：如照射X线、吸烟、酗酒、缺氧。另外，唇腭裂有相当部分是遗传的，一般唇腭裂发生在第一胎的概率为1／600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎发生唇腭裂的几率为3／100。
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