已认证完的增值税进项发票抵扣联丢失怎么办

首先，你最好还是认真地找找。因为丢失了很麻烦的。
第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
第二十九条 专用发票抵扣联无法认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。专用发票发票联复印件留存备查。
详见：增值税专用发票使用规定
二00六年十月十七日国家税务总局国税发[2006]156号印发

可以办理相关的手续就不用了，找专管员他会告诉你怎么处理的。

已认证的增值税发票抵扣联丢失，建议到税务机关进行备案。
至于未认证的发票联和抵扣联丢失，需要你单位到本市的票据丢失中心备案，还需在报纸上通告，通告该丢失发票作废处理。可以将卖方的发票复印做账，但税金不能抵扣。
如需抵扣该发票，则到税务机关部门咨询是否可以开具红字发票冲减前一张发票，让卖方重新给你们开一张新的发票进行抵扣。
（注：建议在做任何事情前，咨询所属税务部门，相信可以得到解决，只要及时得到处理，应该不会罚款。）

丢失增值税专用发票区分两种:
一、空白发票：需要书面报告主管税务机关并接受处理。
二、丢失已开具专用发票抵扣联：销货方到其主管税务机关办理“丢失专用发票已报税证明单”持证明单及记帐联复印件进行认证抵扣。
三、如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单>,经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
四、如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。