如何制作筛选得到菌种的发育树？跪求高人

有几个事情要先问一下。
你做的是什么序列，蛋白的，还是某个基因的？
不同的对象，构建系统发育树的方法也不尽相同，即使同一个对象，也可以用不同的方法构建，最好的办法就是参考已有的比较权威的文章，参考他们使用的方法。系统发育树说到底也是种数学计算公式，你可以采用不同的计算方法，比如NJ法、MP法等等，同一种算法也可以设置各种不同的参数。
所以首先你要知道之间做的是什么东西，然后要看参考文献，看看别人一般是怎么做的。

至于序列，NCBI上的序列可以说是鱼龙混杂，我也上传过，说难听点简直就是想传就传，瞎编乱造一个序列都行（至少，测序结果的可靠性是很难保证的，NCBI员工也不可能帮你来验证），对其中的序列你要自己做好甄别工作，哪些序列是发表过文章的，是被大家所认可的，哪些则是unpublished之类的野鸡数据（我传的几个就是unpublished的野鸡数据- -）。

最后就是用软件的问题了，据说国内人喜欢用mega，因为它界面友好，还整合了alignment的功能，也就是自带了clustal，缺点是有些算法它没有，比如ML法（好像就只有NJ、ME、MP三种算法），老外常用phylip软件包，因为是研究者自己开发的，所以制作很粗糙，界面还是DOS系统那样的提示符，也没有alignment功能，要额外下一个clustal软件，使用很不方便，但它可以做ML法的计算。

软件使用看下网上教程即可。

哦，提醒一句，这活做好了可不轻松，这事儿不能说太细。有人曾委托我们实验室帮他们做了个细菌的16s序列的系统发育树，付了万把块钱，这点钱还嫌少了，忒烦。

要做系统发育树的话，在NCBI上BLAST没有用啊，BLAST是用来搜序列的。
你要做系统发育，首先得把已有的序列做多序列对位（alignment），然后拿着序列对位的结果，再用软件做系统发育树。而且你还要考虑你手头序列的亲缘关系来选择合适的算法。