结婚和离婚都有一个法律程序，都必须由当事人亲自去办理后才能完成，不能自动离婚。法律规定感情不和分居两年是法院因双方感情破裂判离的依据，不是说两年后自动离。所以，你们应该办理离婚手续才算离婚。
没有自动离婚的法律规定，长期分居两年以上只是证明夫妻感情破裂的一种，但是也不完全依据分居。解除夫妻关系，必须合法的经过民政局办理离婚证或者法院诉讼判决等方式。
