最重要的证据是他们有自己的遗传物质，且能控制部分自身的生命活动，两者都具有相对完全的细胞结构（膜，质，DNA,RNA），所以科学家猜测:叶绿体、线粒体与细胞经历了由寄生到互利共生最后形成一个不可分割的怎体的过程。
它们体内都含有dna,dna都会复制，转录，翻译，控制合成一些自己的蛋白质。线粒体类似于好氧细菌，叶绿体类似于蓝藻。
