自然界微生物繁多，包括细菌、真菌，绝大部分对人类有益，如；工业上各种发酵工艺，做酒、酱、馒头、面包等。制药工业各种抗生素都是放射菌、霉菌产生。新陈代谢，水的自净，外环境拉圾分解等。农业上无公害农药。人体体表及和外界相通的腔道大量的正常菌群，除保护了局部不受致病菌感染，如肠道、阴道、口腔等处。寄生于肠道的大肠杆菌还能分泌维生素K和B。只有少数致病，使动、植物和人类生病。
