格式工厂可以把本来分辨率低的视频转换成分辨率高的视频吗？

同样是不可以，但不能这么解释
视频压缩是有损压缩，即被压缩文件不可再还原，就是说如果它是320*240的，你把它压到1024*768（等同与此电脑的分辨率），在电脑上播放的效果就等于你把320*240的视频放大到全屏的效果，那还能看吗？而且文件还会随之变大

所有的一切就只是在浪费存储空间

至于高清，那不用说也不可能了
如果你喜欢高清，那换个软件吧，格式工厂压片太不清晰

你要640*480的，最好找大于等于它的视频往小的压

不可以的。
格式工厂不具备这个功能，毕竟它是比较大众傻瓜型的软件（我用的就是格式工厂），呵呵。
一般的格式软件都可以将清晰度高的向低的转换，几乎不能把低的转成高的。
尤其是你用的图像应该是合成过的吧？你没有源素材就很难解决这个问题了。

分辨率可以转换为高的，但并不是就清晰了，
建议一款万能转换软件，
http://hi.baidu.com/pinering/blog/item/84b8ebedb56137f7b2fb9528.html
WINMPG是一款强大的万能视频格式转换器，

专业的视频软件。简单易用。
该软件支持包括AVI、MPEG1/2/4、VCD/SVCD/DVD、 DivX、XVid、 ASF、WMV、RM在内几乎所有视频文件格式。
支持AVI->DVD、AVI->VCD、 AVI->MPEG、AVI->MPG、AVI->WMV、DVD->AVI、及视频到AVI/WMV/RM的转换，
万能格式转换。

格式工厂怎么把视频格式转换？

清晰度不可能越转越清楚
推荐一个比较好的视频转换器-超级转霸