病理性肥胖主要指由于某种疾病引起的肥胖，如柯兴氏综合征、甲减性肥胖、肝炎后肥胖等，当单纯性肥胖出现较严重的并发症时也意味着肥胖已成为病理性肥胖。
以上分法只是一种理论上的区分方法，在临床上很难衡量，一般只以是否出现病理性改变为区别点。但是，病理性肥胖与生理性肥胖是可以相互转化的。生理性肥胖进一步加重会产生病理性改变，会转化成为病理性肥胖；反之，病理性肥胖经过合理的治疗得到改善，也可变为生理性肥胖，身体会慢慢恢愎正常。
