A、DNA分子缺失一个基因属于染色体结构变异中的缺失，DNA分子缺失一个碱基属于基因突变，A错误；
手、基因突变是不定向的，人工诱导只能提高基因突变的频率，但方向仍是不定向的，因而不一定是有利的，手错误；
C、减数第一次分裂前期，同源染色体上非姐妹单体之间的交叉互换；减数第一次分裂后期，非同源染色体上非等位基因之间的自由组合，都说明减数分裂过程中会发生基因重组，C正确；
D、非同源染色体之间交换部分片段属于染色体结构变异中的易位，同源染色体之间交换部分片段属于基因重组，D错误．
故选：C．
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