所谓菌种质量，一般应包括两个方面：一是菌种的“种性”，即菌种自身的生物学特性，如高产、优质、菇体颜色、耐二氧化碳、抗高温等。这是菌种的内因与基础，栽培地的生产条件必须首先要适合它的“种性”。比如，一个菌种（株）在南方某地选育驯化成功，并表现良好，若将其引种至北方地区，就不一定有好的生产表现。如前几年山东的“花菇热”，从福建、河南等地引进的“花菇菌种”及技术人员，大多数以失败而告终。二是菌种的制作质量。一个原本优良的菌种（株），在设施设备不配套、操作技术不规范等条件下，在逐级转接扩大生产过程中，或者感染病毒、病菌，或老化、退化，到栽培时，势必会有产量低、品质差、抗性差、发病率高，甚至不出菇等现象。如自1998年以来，在山东的平菇生产中，连续发生大面积病害，死菇、黄菇现象十分严重，这除了与生产环境的恶化有一定关系外，主要原因还是品种退化，抗病力严重下降，不注重区域内品种的更新换代，菌种生产过程简单粗糙，用于生产的菌种不能保证是纯菌丝，菇农对菌种质量的认识程度还远远不够且缺乏对菌种质量的识别能力，片面追求菌种的价格。
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