反式脂肪酸的危害有：一、容易引起各种类型的血脂高，进而引起一系列血脂高得并发症，比如高血压、高血糖、冠心病心绞痛等；二、反式脂肪酸高还会导致肥胖；三、如果是小儿反式脂肪酸高，对生长发育，尤其是神经系统的生长发育，还会造成影响。总之，反式脂肪酸有很多危害。
反式脂肪酸像饱和脂肪酸一样，会增加血液中低密度脂蛋白胆固醇含量，同时还会减少可预防心脏病的高密度脂蛋白胆固醇含量，增加患冠心病的危险。
反式脂肪酸导致心血管疾病的几率是饱和脂肪酸的3到5倍，反式脂肪酸还会增加人体血液的粘稠度，易导致血栓形成。
此外反式脂肪酸还会诱发肿瘤、哮喘、II型糖尿病、过敏等病症
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