应该就是菌种上的区别吧，合生元是属于那种食品级或者保健品级的益生菌，菌种跟人体一致，和人体的亲和性会比较好，长期吃的话对调理人体的肠道会有不错的效果；妈咪爱的话我记得是属于治疗小孩子急性肠道疾病的药用型益生菌，菌种跟人体不一样，一般都是要按照医生的嘱咐服用的。
合生元贵点，妈咪爱实惠点。我觉得这两种都不应该长吃，宝宝肠胃调整过来后，就不用吃了。有的人建议常吃妈咪爱，可是妈咪爱是OTC的药物，是药也是三分毒嘛，用不着常吃。
