入侵身体导致扁桃体炎的病原微生物相当多，百分之七十是病毒感染，像鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、肠病毒等。其余少数是细菌性感染引起的。病毒感染后易继发细菌感染，产生较重的临床表现。
由于每个机体抵抗力的不同及病菌的不同，扁桃体炎的症状也不同，有多种多样的表现。有的则会出现轻微感冒症状、颈部淋巴结肿大、口腔溃疡等症状。当然，也可能有较严重的感冒症状、全身不舒服等。有时候扁桃体肿得太大，阻碍了鼻子的呼吸畅通。某些病毒甚至可能使扁桃体肿大到出现上呼吸道阻塞的症状，使患儿呼吸困难。
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