不动产所在地与机构所在地不在同一县(市、区)的，纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。
国家税务总局《纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法》公告2016年第16号第四条规定，小规模纳税人出租不动产，按照以下规定缴纳增值税：
(1)单位和个体工商户出租不动产(不含个体工商户出租住房)，按照5%的征收率计算应纳税额。
(2)个体工商户出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额。
(3)其他个人出租不动产(不含住房)，按照5%的征收率计算应纳税额，向不动产所在地主管地税机关申报纳税。
(4)其他个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额，向不动产所在地主管地税机关申报纳税。
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