这涉及到公司法的一些制度，细说太复杂，简单讲一下吧。
母公司可以设立子公司或分公司，分公司不具有独立法人资格，相当于母公司的一个办事机构；子公司则具有独立法人资格，独立承担权利义务。对外来说，各股东一般以出资为限承担责任，但如果有出资不实或抽逃出资的情况，或者适用公司法人人格否定制度时，可以追究股东的个人责任（具体制度讲起来比较复杂，就不细说了，你可以自己去查一下）；对内来说，当大股东利用其有利地位，损害小股东利益时，只要满足法定条件，可以提起代表权诉讼。
而按照你说的，母公司实际上就是子公司的大股东，当小股东的利益由于大股东行为受到损害时，则可以提起代表权诉讼。所以只要是连续六个月持有公司1%以上的股份的股东都可以向法院起诉，维护公司利益。
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