菌落PCR的假阳性高很可能是因为你做PCR的循环数过大，我们实验室一般对于高拷贝数的质粒，循环数不会超过25个，一般用25个。假阳性出现的原因关键在于做连接的时候加了比较多的目的基因的酶切产物，在转化时，那些没有连接入载体的PCR产物，有的会沾在感受态细胞上，还有的虽然在溶液中，涂板时一起就一起涂在板上了，挑菌的时候可能会挑到，即使没挑到，但菌表面的基因片段也有可能被扩增，如果你的循环数太高，就会在PCR时呈现阳性结果。希望能帮到你
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