法院调解书两年后，法律效应是否还有效？

我国民事诉讼法在2007年进行了修改，新的民诉法从2008年4月1日起生效。按照原民诉法规定，申请执行期限双方是自然人的，为1年。按照新的民诉法规定，申请执行期限是2年，并且适用诉讼时效中止、中断事由。所以，你首先要确认你现在应该适用哪个民诉法。如果可以适用新民诉法的话，目前的解决途径有两个：1、以未申请强制执行存在法定中止、中断事由为依据，向法院申请强制执行，并提供相关证据，法院即可受理，在进入强制执行程序后，法院可以向房管部门发出协助执行通知书和执行裁定书，强制变更房产所有人。2、以原调解协议作为证据，向法院重新起诉，确认所有权归你姐所有，在法院作出确权判决后，即可对该确权判决申请强制执行。

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到她前夫住所地的法院立案庭试试，用协议书能够立案。

民事诉讼法规定：
第二百一十五条 申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。
所以一旦超过两年，那么久不能再向法院申请强制执行。
你姐可以持双当当初的协议起诉到法院，从新提起一个诉讼，要求男方依据协议协助办理房产过户。
建议委托当地律师办理。