不一定非得在一个合同书内。一般补充协议要注明原合同的编号、标的、事由等项，并加注“原合同继续有效，凡与补充合同不一致的条款，以补充合同为准”字样即可！
通常是放在一起，但也不是一定，主要看你补充协议签订的时间了，如果有可能，最好是放在一起。
