灵芝菌种保藏前，首先应在试管上贴上编号和菌种名称的标签，并建立菌种档案，详细记载菌株代号、试管编号和菌种保藏数量，灵芝菌种来源、移植时间和代数、生产中使用情况和出现的问题。
灵芝菌种保藏后，应认真检查取出的保藏菌种试管上的标签，没有标签的菌种切勿使用。一旦将误用的菌种利用到生产中，造成的损失将是不可估量的。另外，尽量选择保藏时间短、菌龄较小的母种；培养基已干缩或已污染的菌种绝不能使用；菌龄较老的菌种，可先转接几管培养，在逐步提高温度的条件下，待其活化后才能扩大培养。保藏的原种，在任何情况下都不能用完，防止绝种造成损失。
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