菊花种植过程中病虫害较多,病害主要有褐斑病、黑斑病、白粉病、褐锈病、黑锈病、根腐病等。主要虫害有蚜虫、红蜘蛛、尺蠖、菊虎、蛴螬、潜叶蛾幼虫、蚱蜢及蜗牛、小地老虎、菊花钻心虫、绿盲椿象等。
锈病是菊花常见的病害,可于早春发芽前,喷3~4波美度的石硫合剂。发病期间喷洒80%代森锰锌500倍液、25%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液、20%萎锈灵乳油400倍液,每7~10天喷1次,交替使用,连喷3~4次;白粉病防治可用50%可湿性托布津800~1000倍液、或二硝散200倍液、或50%代森铵1000倍液,每周1次,连续喷施4~5次。灰霉病发病初期可喷洒0.3~0.5波美度的石硫合剂、代森錳锌、多菌灵等杀菌剂。