A、生物进化的过程实质上就是种群基因频率发生变化的过程．自然选择决定生物进化的方向．因此自然选择使种群基因频率发生定向改变，A正确；B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，B正确；C、种群通过地理隔离可能达到生殖隔离，但不绝对，如东北虎与华南虎之间存在着地理隔离，但还是同一种生物，不存在生殖隔离，C正确；D、种群是生物进化的基本单位，也是生物繁殖的基本单位，D错误．故选：D．
