大多数肛周脓肿起源于肛腺导管的阻塞伴细菌繁殖和脓肿形成，缺乏波动感不应延迟及时引流。治疗目的应包括脓肿的切开引流和防止切口假愈合而导致急性复发。切口宜适当，置管引流或挂线。肛瘘术前常用挂线控制局部感染。尽管很多肛周脓肿在门诊容易治疗，复杂性感染需在麻醉下检查以确保适当的引流。重症感染，尤其是免疫力受损的病人，需要住院治疗。
皮肤脓肿常规切开和引流后增加抗生素不会改善愈合时间，也不能减少复发，因而通常不应用。但高危病人，如免疫抑制、糖尿病、弥漫性蜂窝组织炎或有假体植入，应考虑使用抗生素。
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