管理费根据相应费用标准计取，具体看你选用的是什么定额；
设计费执行《工程勘察设计收费标准》；
代理费要分情况了，如果是招标代理服务费，则按国家发改委颁布的《招标代理服务收费管理暂行办法》(计价格[2002]1980号) 的工程类收费标准采用差额定率累进计费方式计算，如果是中介什么的，则要根据实际发生列项。
你的问题里，管理费是含在工程取费里，不能在计算，设计费和代理费都有标准，可这是可以讲价的，还要看实际的要求，按实际编制，列到其它费用里，只能计取税金
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