清代由皇帝直接统辖的三个旗。满洲八旗有上三旗和下五旗之分。清军入关前,正黄旗、镶黄旗、正蓝旗由皇太极亲自统领,是皇帝的亲兵,身份高贵,条件待遇优厚,称为“上三旗”。其余五旗,正红旗、镶红旗、镶白旗、正白旗、镶蓝旗,称为“下五旗”,由亲王、贝勒、贝子掌管,驻守京师各地。入关后顺治初,多尔衮将自己所领正白旗纳入上三旗而将正蓝旗降入下五旗。多尔衮病逝后,顺治就将正白旗纳入上三旗,此后清代就成了定制。
上三旗为镶黄、正黄、正白。每旗设满、蒙、汉三军,分别为镶黄满、镶黄蒙、镶黄汉,正黄满、正黄蒙、正黄汉,正白满、正白蒙、正白汉。皇帝可任命皇子统领。原则上都为皇帝亲军,但实际上只有满、蒙上三旗才能充任,汉军上三旗实缺额。由满、蒙上三旗(内务府三旗)中选拔郎卫,负责宫廷内侍卫。其中优秀者,则日侍禁廷,供驱走,称御前侍卫,稍次者为乾清门侍卫。内廷侍卫人员必须由上三旗满洲、蒙古军中选任,汉军不得与。
“上三旗”实行郎卫制,紫禁城内接近皇帝的要害部位,全由内务府选出侍卫,由领侍卫内大臣六人(镶黄旗、正黄旗、正白旗各二人)统领。分成内外两班宿卫。内班宿守乾清门、内右门、神武门、宁寿门等内宫,多用满人。外班宿守太和门等外朝,兼用满人、蒙人。
1650年(顺治七年),多尔衮病死,世祖亲政,时年14岁,倚恃堂叔济尔哈朗,对多尔衮一系展开反击。1651年(顺治八年),迫令多尔衮亲兄阿济格自缢(此前,多铎已病死),追论多尔衮悖逆之罪,下诏迫削封爵,又兴起大狱,处死多尔衮一系亲近贵族重臣数十人。世祖通过这些努力,沉重打击宗室强藩,巩固了皇权。
世祖在原先领有两黄旗的基础上,把原先隶属多尔衮的正白旗划归己有,成为新上三旗(原正蓝旗换出)。从此,正式形成上三旗与下五旗的体制。上三旗为“天子自将”,归皇帝自领,地位高贵,人多势众,构成八旗的核心;下五旗成为诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地。上三旗与下五旗的分治,是八旗制度的一次重大变革,是以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强的明显标志。上三旗至顺治年间已确定为镶黄旗、正黄旗与正白旗