在大乘而言，《楞严经》里面有详述。
这个问题，和富楼那尊者问释迦牟尼佛的问题一样，详情可见《楞严经》卷四。
简单讲，就是《楞严经》说的：一念不觉，而生无名。 继而「无明不觉生三细，境界为缘长六粗」，形成法界。
量子物理研究出，世界其实是由concept（概念）information（信息）idea（想法）组成的。
传统机械物理，受制于当时的科研条件，得出了的结论是相对狭隘的，现代量子物理已经突破了这个狭隘的世界观，研究出，分子、原子、电子，再分到夸克，继续分下去，最后的基本粒子，其实是不存在的，所谓基本粒子，就是波动（弦），也就是“一念不觉”，本来世界是清净的，平等的，没有波动，“一念不觉”，就产生波动，产生波动，就是“而生无名”,波动形成种种基本粒子就是「无明不觉生三细，境界为缘长六粗」，基本粒子就构成世界。
这方面可以参考量子物理电影《我们懂个X》。
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学习大乘之前，先要打好基础，不然肯定会花了时间精力，然后觉得功夫不得力，到时候怀疑佛，毁谤佛，就不好了。
其实佛对我们说得很清楚了，《佛藏经》云：不先学小乘，后学大乘者，非佛弟子。
《百喻经》里面有个故事说得更生动，有一个愚人，看到他人富家三层楼很漂亮，于是叫来木匠，要造第三层楼，木匠说，不建第一层，不建第二层，哪儿能建第三层？愚人说，我不用建第一层第二层，我只要第三层。众人听了，都笑那个愚人。
我们四众弟子也是一样，若不依三乘次第，先打好基础，循序渐进地修学，和那个愚人就没有分别。
大乘是起高楼大厦，建高楼必须有地基，地基扎实，高楼才稳固，地基是小乘佛法。
没有小乘基础，高楼是用几支竹竿撑起来的，或者开始挺好看，但随时有倒塌的危险。
纵观历史，中国小乘佛法式微，是不是佛说的不对呢？
佛法重实质，不重形式，其实中国历代高僧大德，都是以儒家、道家为基础，代替了小乘佛法，所以修行有非常辉煌的成就，值得我们借鉴。
而学小乘的教材很多，《弟子规》是其中非常不错的一个选择。
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对于小乘来说，下面节选《佛陀的启示》一书，经供参考。
佛对于讨论不必要的形上学方面的问题不感兴趣。这些都是纯粹的臆想，只能制造莫须有的问题。他把它们形容为“戏论的原野”。在他的弟子中，似乎有几个人不能领会佛的这种态度。因为有一个例子：一个叫做鬘童子的弟子，就曾以十条有名的形上学方面的问题问佛，并要求佛作一个答覆。［注三十四］
有一天，鬘童子午后静坐时，忽然起来去到佛所，行过礼后在一旁坐下，就说：
“世尊！我正独自静坐，忽然起了一个念头：有些问题世尊总不解释，或将之搁置一边，或予以摒斥。这些问题是：(一)宇宙是永恒的，还是(二)不永恒的？(三)是有限的，还是(四)无限的？(五)身与心是同一物，还是(六)身是一物，心又是一物？(七)如来死后尚继续存在，还是(八)不再继续存在，还是(九)既存在亦（同时）不存在？还是(十)既不存在亦（同时）不不存在？这些问题，世尊从未为我解释。这（态度）我不喜欢，也不能领会。我要到世尊那里去问个明白。如果世尊为我解释，我就继续在他座下修习梵行。如果他不为我解释，我就要离开僧团他往。如果世尊知道宇宙是永恒的，就请照这样给我解释。如果世尊知道宇宙是不是永恒的，也请明白说。如果世尊不知道到底宇宙是永恒不永恒等等，那末，不知道这些事情的人，应当直说‘我不知道，我不明白。’”
佛给鬘童子的回答，对于今日数以百万计，将宝贵的时间浪费在形上问题上，而毫无必要地自行扰乱其心境的宁静的人，当大有裨益。
“鬘童子，我历来有没有对你说过：‘来！鬘童子，到我座下来学习梵行，我为你解答这些问题。’？”
“从来没有，世尊。”
“那末，鬘童子，就说你自己，你曾否告诉我：‘世尊，我在世尊座下修习梵行，世尊要为我解答这些问题。’？”
“也没有，世尊。”
“就拿现在来说，鬘童子，我也没有告诉你‘来我座下修习梵行，我为你解释这些问题’而你也没告诉我‘世尊，我在世尊座下修习梵行，世尊要为我解答这些问题’。
既然是这样，你这愚蠢的人呀！是谁摒弃了谁呢？［注三十五］
“鬘童子，如果有人说‘我不要在世尊座下修习梵行，除非他为我解释这些问题’，此人还没有得到如来的答案时就要死掉了。鬘童子，假如有一个人被毒箭所伤，他的亲友带他去看外科医生。假使当时那人说：我不愿意把这箭拔出来，要到我知道是谁射我的；他是刹帝利种（武士）、婆罗门种（宗教师）、吠舍种（农商），还是首陀种（贱民）；他的姓名与氏族；他是高、是矮，还是中等身材；他的肤色是黑、是棕，还是金黄色；他来自那一城市乡镇。我不愿取出此箭，除非我知到我是被什么弓所射中，弓弦是什么样的；那一型的箭；箭羽是那一种羽毛的；箭簇又是什么材料所制......。鬘童子，这人必当死亡，而不得闻知这些答案。鬘童子，如果有人说‘我不要在世尊座下修习梵行，除非他回答我宇宙是否永恒等问题’，此人还未得知如来的答案，就已告死亡了。”
接著，佛即为鬘童子解释，梵行是与这种见解无关的。不论一个人对这个问题的见解如何，世间实有生、老、坏、死、忧、戚、哀、痛、苦恼。“而在此生中，我所说法可灭如是等等苦恼，是为涅盘。”
“因此，鬘童子，记住：我所解释的，已解释了。我所未解释的，即不再解释。我所未解释的是什么呢？宇宙是永恒？是不永恒？等十问是我所不回答的。鬘童子，为什么我不解答这些问题呢？因为它们没有用处。它们与修练身心的梵行根本无关。它们不能令人厌离、去执、入灭，得到宁静、深观、圆觉、涅盘。因此，我没有为你们解答这些问题。”
“那末，我所解释的，又是些什么呢？我说明了苦、苦的生起、苦的止息、和灭苦之道。［注三十六］鬘童子，为什么我要解释这些呢？因为它们有用。它们与修练身心的梵行有根本上的关连，可令人厌离、去执、入灭、得宁静、深观、圆觉、涅盘。因此我解释这些法。”［注三十七］
楼主的疑问，后学尽量解说释怀：
一切众生之本心--如来藏，或称自性清净心，有七种真实功能--名曰七种性自性，这是一切诸佛、菩萨都无法推翻的法界实相，唯证方知，未证者只能信受佛语，只有本心如来藏，能假藉业种、无明、四大等等诸缘，而出生友情身与无情的器世间（如山河大地、植物、矿物）。
然而其中的差别在于，有情众生是因为业种、无明而感，由如来藏假藉此缘而入胎受生，入胎后五色根渐渐成就，方有我们能感知世间万法的六识（或称六情）藉由业种、无明、六根、六尘而出生，接著陆续感知种种苦乐受、生老病死忧悲苦恼等等受。而众生不知此理，总是误认六识就是自己、自我，而不断造善恶业，为此能感知、能觉知的六识我，造种种业，因此才会让本心如来藏不断收藏后有种子，继续出生来世的行。
然而无情身不然，无情身乃由众生的本心含藏之业种，共业所感的依报土，无六识心，更无第七识－意根，因此并不会造业，而每个世间的植物、矿物等等，是由这个地区众生共同感招而来的，譬如极乐世界，全然清净的佛土，也是由那边的众生与弥陀佛的愿力，而感招此庄严的依报土，但是我们此世间，众生浊恶，所感招的依报土也相对污染许多。
因此，总结楼主问题如下：
一、生命的根本是众生之本心－如来藏，此心本来就有，不是被出生的法，只是所含藏的七识心不清净，因为无明，因为七识心不知三界一切万法都是由此心--如来藏所假藉诸缘出生，遂有无明，而起无明惑、造诸善不善业、净不净业。
二、业种也都是含藏于如来藏心中，若无如来藏收藏一切业种，则因果成为虚妄之谈，善人行善也不会有善果，恶人行恶可以无法无天，因为无有因果，然而此悖逆因果实相。
后学稍作辩证如下：
甲、 若无如来藏收藏业种，如何我们每天睡著以后，意识暂时中断，等待醒来后，依然能记忆先前所行之事。意识非持业种的心、大脑本身是物质，亦不会有自主性，若无有此如来藏心恒而不审，云何收藏记忆？
乙、 若无如来藏持身，那一切众生刚入胎时，如何依著业种而成长此世的果报色身，方入胎时，大脑尚且还未形成，意识更不可能出生，若无能持身、能摄取物质特性的如来藏心，云何能长养色身。
丙、 若无如来藏能流住一切万法种子，则无有可能有三界一切万法之运行，物质非心、无有自主性，只是助缘，盖物质为地大，如何能有自己运行的道理，能量本非自然性、非因缘性、也不会是让万法运行的动力，只是助缘，能量为火大，海水波浪、川流不息，都是水大与风大运转，都只是助缘，只是四大之一，如何有自主性能自我运作、自我主宰乎？若无如来藏性，则无有三界一切万法之运行。
丁、 若无如来藏能假藉诸缘流住万法种子，则一切众生顿成死尸，吾人能知觉的意识无法持身、也无法改变物质、更无法操纵物质，也无法决定业种，而意识觉知心夜夜必断，若无如来藏流住意识种子，则一切众生与死尸无异。
戊、 若无如来藏之可熏性，能收藏一切业种，并且能流住一切业种，而且能令种子有熏习性，那一切众生学习成效都是零，因为没有熏习性，则恶人永远都是恶习性、善人永远是善习性，众生也永远无法成佛，乃至于世间法中，一切学问、技能、知识、艺术都无法成就，因为无薰习性。然而事实不然，故证之有如来藏心。
一切欲亲证真实了义佛弟子应知，佛法之根本，乃如来藏心，一切小乘、大乘、世间出世间法，皆以此心而有差别。故金刚经云：
一切贤圣皆以无为法儿有差别，此无为法即是指如来藏之无漏清净性。虽现一切万法，却不与万法为侣。
佛子若欲实证此心，当发广大菩萨心--自利利他菩萨心，方能荷担如来家业，并兼广行六度万行，自然有因缘悟入，届时方知：
一切众生本来平等平等，一切众生皆是此如来清净相，一切三界万法皆是以此为本，一切行、一切相皆是如来藏一合理相。
你问的这个问题太大了，即生命的起源！
别说对于几千年历史的人类来讲是从来也没讨论得明白过，就是对于神，对于各个层次的神来讲，他们也只能知道他们层次的生命的起源是什么、根本是什么，而对于整个宇宙那最为根本的起源，你在这里是得不到正确答案的，就算是有幸你有日终成正果也只能知道你所在层次的及你所在层次以下的生命的起源是什么。
业的起源。关于这个问题，我是这样看的。在一个生命最原本的境界里、层次里，自然是有着“社会关系”的，而时间对于最初的层次或者叫天国来讲那是漫长的，甚至是感受不到时间的观念的。而在那漫长的岁月里，在生命与生命之间发生着各种社会关系的过程中，众生都会产生或多或少的私心，但这个私心比较起人类的私念的产生来讲是极为少或小的，但在那样的层次里却也能体现出来。每个世界里都有一个法王，在我们的认识中叫如来，他们时常在自己的世界里都会做一件事，那就是给他世界的众生讲法，至少其中能起到的作用有回归众生思想、品质、心性。但即使这样，还是有生命会悟不到法，无法归正已经偏离了的心性，就好像红尘中的人听不进去某些道理一样。当这类偏离了那个世界法的标准的生命不再配在那个世界时，他只能降到低一个层次的世界去，他的心性在那个世界里是符合那个世界的法的要求的，久而久之，时间的漫长也许还会偏离那个世界的法的要求，那么还会往更低的层次掉......这个过程是一个穷尽人的智慧也无法达到的时间过程。
关于石头是否有生命。几乎所有的石头都是有生命的。我尽可能的从表面上，从实证科学的角度来讲。如果你用放大镜去观察石头的时候，也许你会发现石头的表面上有列微小的生命在活动，如果你用更大倍数的放大设备观察的话，是不是能看到其分子、原子？分子原子本身就是有生命的，这是其一，如果你有足够大的大倍数放大设备的话，你去观察构成石头的分子或原子那个粒子构成的表面的话，你会发现那也是一个世界，以此类推，更微小的就不用讲了，你自会明白，这也是佛家讲到的三千大千世界学说的一个方面，这个你明白吧？这个例子只是从这个角度去简单解一下，之所以目前人类的科学不认识其是有生命的是因为他无法看到那层粒子构成的整个面而只是看到了粒子，就好像我们肉眼能看到的星球与星球之间的结构一样，看似松散的，但如果更大面积的看就是一个面、一个实体。再比如银河系，远远的看是一个有独立形态的构成体，但近看是一个一个的星体，有恒行，有行星等。
你在补充问题中提到“佛不认识植物有心”。我不认为你所看到或听到的这个说法是佛经里的。但我明白你要说明一个“既然都有生命那吃它们是不是杀生？”你是这个意思吧？——神创造了这个世界，其目的你没问到我也不必去说，只说为什么它们有生命我们还要吃它们。人是这个世界最为伟大的生命，这是不可否认的，甚至可以在这里说一下，当初神创造这个世界就是为了让从更高世界掉下来的生命生存并且有机会聆听下世的佛、道、神传法好有机会修回去的。而人不可能不吃不喝，那样生命是无法维续的，于是神便给人类创造了环境与食物。食物是有生命的，而杀死它们以维续生命所造下的业力对于一个有可能修得回去的生命来讲，是完全可以轻易偿还或弥补的，这样的业力是非常非常小的。但也区别于什么修行的法门，有些法门修的并不高，而吃东西所造成的业力对于层次不高的法门确实会造成一些困难，因此也有可能他们在饮食上也非常的注意，只要足以维持生命的正常就可以，但不吃是极为少的，除非是有僻谷的那种修法可以不吃不喝几十年甚至更长的时间，这个另当别论，大多数法门还是过着正常人的生命的。
最后我想对楼主说一些事。一些居士或者看起来非常有名的所谓大师的东西不看不听也罢！
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以上，仅为个人所悟，并不代表你所问的最终答案，仅供参考！
1.我没听过圣严法师的开示，对于“宇宙的原素是永恒的，生命的因素也是永恒的，前者是物质不灭，后者是精神不灭。”不知道是不是君在断章取义，能否交代下前后文？但姑且以这四句话而论吧。
在我看来，和后面所说的“生命的起源是众生业的结果”都是以现世常态为基础，并借此发挥的。
物理学上也讲过“能量守恒定律”和“质量守恒定律”，所以无论从佛法还是现代科学上去理解，都是正确的观点。
而所谓“生命的起源”，单以我们地球人而论，是住光音天上的“人”，在宇宙中飞行遨游，结果贪恋地球上的甘味美食，久之，形色开始显现，身体日益粗重。由于身体粗重等缘故，无法再飞行，于是便在地球上住了下来，成为人类的祖先。
如果说“生命的起源”，是说全宇宙所有的生命的话，即是“无始以来，便已存在”，佛所说的无始，亦即没有结束，也就是无终。形象点说，生命就像一个圆，你说哪里是开始，哪里又是结束呢？
君再想想：太极图为什么是圆的？语言文字中为什么有“圆满”？——这就是老祖宗的智慧。我们今人自以为掌握了现代科学，智慧超过古人，可是金字塔、浑天仪怎么都造不出来？可见正因为现代物质科学的发展，才导致我们对各种物质发明产生了长久的依赖性，致使智慧力逐渐下降。
2.业的起源就是无明。（这里姑且假设某点为起点吧，在起点上——）我们的真如性都是一体无二的，也没有所谓宇宙的存在，慢慢的有些就开始妄想、乱动（因静而动，动静相互——也是老祖宗的经典智慧），乱动生风，结果宇宙就慢慢形成了（天文物理所谓宇宙大爆炸是也）。
从乱动起，即是无明之开始，试想假如我们都是智慧圆满的，还会妄想、乱动吗？因为智慧不圆满，所以无明，因为无明，没有智慧或智慧不足，自然就会做好事也要做坏事，做必有业，有了业而又无法控制自己所造的种种业力而导致轮回生死。
3.所谓“有情无情同圆中智”，我们是有情众生一类，石头属于无情众生。石头固然没有生命，但是也具有如来法性。有法性，自然能说万法。所以说“一沙一世界，一叶一菩提”。而有心的，却未必能说万法。呵呵，比如你和我。
4.佛并没说因为植物没“心”所以可以食用，就可以随意处置了。这里完全是“权法”。孟子说“男女授受不亲”，但是嫂子落水了也得伸手去救不是吗？吃植物和吃动物，都是要造业受报的（我们的老祖宗就是因为吃了也许是植物的东东才沦落为地球人的）。只不过两相比较起来，终究是吃植物所造的业少些，呵呵。但尽管吃植物造的业较少，终究还是造业的，也不能随意为之，所以要提倡节约的精神。三餐是有讲究的，“诸天早食.佛午食.畜生午后食.鬼夜食”，所以佛弟子只是日中一食。而我们红尘中人“一日三餐带夜宵”，真是一天中已将六道众生中的三道做一遍了。
要成佛嘛，本应本着无欲无求而行。但若今，因为有个肉身在，还要用这个肉身去成佛成道，就要养活这个肉身，所以这个吃业多多少少还是要做的，只是做多做少，却由君决定了。君想多造业，也没人能管得了，呵呵。
佛教"从不”认为：“宇宙的原素是永恒的，生命的因素也是永恒的，前者是物质不灭，后者是精神不灭。”．
无论大乘小乘．也无论何宗何派．佛教从没有这样认为的．
实际上．这是一种”常见外道”的观点．
佛教将全部的外道分为2种：1．常见外道．2．断见外道．
佛教也”从不认为”：”石头是没有心的”．恰恰相反．石头是有心的．石头同样也可以成佛．
”无情．无生命”．都不等于”无心”．不等于不能成佛．
楼主对佛经．还没有研究明白．但探讨和研究是好事情．
佛教也从不认为：”植物是无心的”．恰恰相反．植物是有心的．植物同样也可以成佛．
有心无心．与是否可以吃．毫无关系．只与慈悲有关系．
有心无心．与戒杀．也毫无关系． 只与造业有关系．
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