首先，普通光学显微镜是观察不到病毒的，那么自然就不可能分清楚病毒的种类。如果是使用电子显微镜，那么可以观察到病毒的形态，能够从形态上做一个初步的分类。对于细菌，显微镜只能观察到细菌的形态，例如是球菌还是杆菌，排列方式如何，这也算是对细菌做了初步的分类，也为后续的鉴定工作打下了基础，但是光从显微镜是看不出具体是什么细菌的。
