我也有这样的问题，请高手指点迷津！
因为上海的做法是：凭海关进口报关单和免税证明，国外打印的INVOICE就可以做账，我们公司之前就是这样办理的。
我客户当地的地税政策：是可以把货物的金额、代理费用以及杂费开在一个服务费统一发票上，他现在就认他当地的做法。（上海税务局说他们是违规操作）
我也希望开票给学校，虽然这个业务是亏本的，但是希望与客户有长期合作，希望有合理正规的做法！
跪求了！
外贸公司代理进口货物可以开具代理发票，也可以开具货款的增值税发票（但要有一般纳税人资格）。所以，可能你们找的外贸公司资质有问题。
外贸方面的问题欢迎参考http://hi.baidu.com/vogen与我们联系.
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