A、自然选择是通过对个体生存的选择作用而影响种群的基因频率的变化，A正确；B、基因突变的不定向的，生物进化的方向是由自然选择决定的，B错误；C、二倍体西瓜与四倍体西瓜之间虽然能杂交形成三倍体西瓜，但三倍体西瓜是高度不育的，因此二倍体西瓜与四倍体西瓜之间存在生殖隔离，C错误；D、种群的基因频率发生改变并不意味着形成了新物种，新物种形成的标志是产生生殖隔离，D错误．故选：A．
