户口没有影响,江苏已经省级统筹养老保险了,养老保险可以在省内随工作关系转移,但是其他的社保是不能异地转移的等南京的公司给你在南京重新开户交以后,去南京社保申请一个接收函,再去昆山社保中心办理转出,给你打印交费明细清单,最后在南京接续上比较麻烦的,不建议现在就转,可以等有新政策以后再说