阿纳海姆比斯特财团掌握着联邦的命脉"拉普拉斯之箱"并秘密制造了解开此密的钥匙"RX-0独角兽高达",并准备秘密让渡给新吉恩残党"带衣袖";巴纳吉-林克斯,一个就读于阿纳海姆工业7号卫星的技师学校的普通16岁男孩,在时常出现"错位"的状态下目睹了独角兽高达的试飞经过,又邂逅了"带衣袖"的神秘女孩奥黛丽,随后卷入了这起事件中,不仅得知了自己的真实身份,更阴差阳错成为了独角兽的驾驶员,和联邦军朗德-贝尔队类-阿伽玛号与以有着"赤色彗星再来"之称的伏拉尔-伏朗托为首的"带衣袖"展开死斗
《高达UC》的剧情发生在第二次新吉翁战争后的宇宙世纪0096年。在这个时期,地球联邦政府表面上取得了和平,却在秘密地进行着名为“拉普拉斯之箱”的计划。这个计划涉及到一个能改变世界秩序的秘密,而这个秘密被藏在工业殖民地“工业7号”上。
在工业殖民地中,少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女。实际上,奥黛丽是旧吉翁公国次男多兹鲁·扎比之女美耐巴·扎比,她为了阻止新的战争爆发,必须阻止“拉普拉斯之箱”的交易。
巴纳吉在帮助奥黛丽的过程中,逐渐被她所吸引。然而,地球联邦政府察觉了这起交易,并进行了军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找奥黛丽,他们最终找到了比斯特财团的当家卡迪亚斯·比斯特,这位当家实际上是知道“拉普拉斯之箱”的秘密的。
随后,围绕着“拉普拉斯之箱”的战争开始了。