切格瓦拉与卡斯特罗在诸如对苏关系、援助第三世界革命等问题上的分歧日趋严重。不久他辞去了自己的职务,在给卡斯特罗写的告别信中:“他对单一的苏联模式感到不解和失望,对社会主义的前途感到忧虑,因为他发现不少的革命者都是在豪华的汽车里、在漂亮的女秘书的怀抱里丧失了往日的锐气。所以,为保持革命者的完美形象,他只能选择战斗,选择一个凤凰涅盘式的壮美结局”,为防止个人行为对古巴的不利,放弃了古巴公民身份。
玻利维亚在1967年10月11日正式报告了切·格瓦拉在10月9 日被杀。10月15日卡斯特罗宣告古巴全国哀悼三天。
古巴对格瓦拉之死的唯一反映就是:
切·格瓦拉本人应该对古巴监狱中数百人受酷刑和被处死,以及他领导的古巴革命武装控制或造访过的地区许多农民被谋杀之事负责。他们也相信切·格瓦拉是一个拙劣的战术家,而不是一个革命天才,他从没取得过一场有记录的战斗的胜利。一些批评家认为切·格瓦拉在阿根廷读医学院时是失败的,没有证据表明他真的获得了医学学位。
古巴认为切是英雄,现在在古巴的全国各地都可以看到切的形象,包括古巴的纸币上也曾出现过切,而卡斯特罗的形象在古巴除了电视、广播和报纸外,在大街上几乎见不到。
在切死后,古巴曾尽力寻找切的遗体,并最终将切葬到了圣克拉拉的切格瓦拉广场。古巴每年都会举行纪念切的活动。在确认切的死讯后,卡斯特罗曾严厉的抨击杀害切的凶手,还发表了讲话:“我们希望我们的孩子成为什么样的人?像切一样。”这句话在古巴妇孺皆知,像口号一样。历史上古巴只接受了两个外国人成为古巴国籍,切是其中一个。