A、在肺炎双球菌转化实验中没有利用同位素标记法,A错误;B、艾弗里在实验中将S型细菌的DNA、蛋白质、糖类、脂质等物质分别与R型细菌培养,而噬菌体侵染细菌的实验没有将DNA和蛋白质分离,B错误;C、在观察实验结果时并没有利用致病性,艾弗里的肺炎双球菌转化实验中观察的是细菌转化的情况,噬菌体侵染细菌的实验观察的是放射性存在的部位,C错误;D、两实验的共同点是用一定的方法区分微生物的DNA和蛋白质,直接地、单独地观察它们的作用,D正确.故选:D.